一、前期投資成本高企
循環水養殖前期的投資包括土地租賃、土建與大棚、設備采購、輸電線路、甚至道路鋪設等。因為水產養殖場大都建立在遠離城市的區域，因此，各種物資的運轉都比較麻煩。且如土地等資源等，可能要一次性大額支出。在沿海想就近建設大棚的，需要特殊的鋼結構大棚來預防臺風危害，成本相應較高。北方的大棚也要考慮到保溫的問題。因此，沒有較強的抗風險能力，在建設工廠化循環水養殖場的前期一定要充分論證、合理預算。
另外全套的循環水設備的成本也不低。當然，在沙漠中用循環水養殖海水魚也是可以的，但無非是成本的問題。如果沒有廉價的熱源或水源，僅加熱及換水的成本就不支持養殖場盈利。因地制宜地利用現場的水源或熱源，是降低循環水養殖長期運營成本的關鍵所在。所以，目前鮮少有內陸循環水養殖的全套系統。這也是行業內缺乏全套樣板的原因。
二、系統能耗太高。
能耗太高的問題，可以從多方面入手。我們有著多年的工程設計和現場施工經驗，推出以下建議：
1.大水體的水產養殖場可以修建大型生化過濾池。以適應高密度循環水養殖的需求。高密度狀態下，水體的氨氮及亞硝酸鹽是一個令人頭痛的問題。生物過濾的負載過大。生物過濾盡可能做成滴流式生物過濾。因為這樣的效果最好。而且，要特別重視生物過濾的重要性。生物過濾的形式及濾料的總體積是影響生物過濾器效果的重要原因。以目前的以驗來看，滴流生物過濾和潮汐式生物過濾的效果較好。
2.水泵用電量過大的問題。我們建議盡量減少水泵的功率和數量。在設計上，我們經過多年的苦心探索，建議使用微濾機加主循環泵的方式來降低系統的能量損失。因為，如果你使用了過濾砂缸等設備，則單線的系統水泵使用數量就不少于兩臺。而如果用自動反沖洗的微濾機，水泵是后置式的，后面的紫外線殺菌器、冷暖機等設備只用這一臺水泵即可。另外在挑選水泵時盡可能用低揚程、大流量的水泵。軸流泵就是一個比較好的選擇。生物過濾在設計時，應考慮水位落差的問題。盡可能使生物過濾的進水只利用前端管道的水頭壓而不必再用另一臺水泵提水。